計算・解析の再現可能性

1. 推奨ディレクトリ構成

project/
  inputs/          # source structures and raw tables
  conformers/      # generated ensembles and energies
  quantum/         # input, log, chk/fchk, gbw
  fields/          # cube, grid metadata, fragment definitions
  features/        # descriptor tables and schemas
  models/          # splits, pipelines, parameters, metrics
  figures/         # scripts and exported figures
  environment/     # versions and installation records

2. 命名とmetadata

sample ID、配座ID、電荷、多重度、method、basis、溶媒、計算段階を機械的に結合し、表示用名称と分離します。CSV/JSONには単位、欠損値規則、原子index規則、生成スクリプトのcommitを保存します。

3. 電子状態計算

• softwareとrevision、計算資源
• geometry、charge、multiplicity
• method、basis、ECP、dispersion、grid
• SCF・最適化・振動数の収束
• 温度、圧力、標準状態、熱補正
• 再計算・再開時のcheckpoint対応

4. Cubeと実空間解析

物理量、原点、三本のaxis vector、shape、単位、spacing、fragment、isovalue、カラーレンジを保存します。差分やpixel-wise modelでは、grid一致をプログラムで検証します。

5. 機械学習

元データ、固定test set、group ID、前処理pipeline、乱数シード、hyperparameter探索範囲、評価指標を保存します。標準化・PCA・特徴選択はvalidation foldの外でfitしません。

6. 公開前チェック

1. 新しい環境で生成スクリプトを実行できる。
2. 原データから主要表・図まで追跡できる。
3. 手作業の変更をREADMEへ記録した。
4. ライセンス・引用・公開可否を確認した。
5. 機密構造や個人情報を除外した。
6. Methodsページの対象versionと最終確認日を更新した。

7. このサイトの再生成と保守

本文、日英ページ、計算例への接続、検索索引、構造化データはスクリプトから再生成します。生成物だけを直接直すと次回の実行で失われるため、対応する scripts/i18n/ または後処理スクリプトを修正します。

npm run i18n:generate
npm run i18n:markup
npm run verify:site

• i18n:generate: 日英ページ、計算例、章間リンク、検索索引、JSON-LDを再生成。
• i18n:check: 日英ページ数、翻訳漏れ、章・コード例の対応を検査。
• site:validate: ローカルリンク、重複ID、canonical、JSON-LD、検索索引、計算メタデータを検査。