Computational Chemistry and Chemical Data
分子を計算し、データから解釈する
三次元構造と電子状態を求める流れ、化学構造を情報として比較・モデル化する流れを分け、最後に立体電子記述子から反応選択性の解釈へ接続します。
Track A
構造・電子状態計算
分子構造を準備し、半経験的方法と量子化学計算でエネルギー・波動関数を求め、反応経路と三次元場を解析します。
構造xTB量子化学経路cube実空間解析
Track B
ケモインフォマティクス・データ解析
化学構造を標準化し、fingerprint・記述子・立体場を特徴量へ変換して、統計モデルと可視化から傾向を読み解きます。
構造情報検索特徴量回帰・PCASHAP
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ソフトウェア名、計算手法、解析語で下の章一覧を絞り込めます。
- 01RDKit: 3D preparationSMILES、ETKDG、MMFF/UFF、RMSD
- 02xTBGFN法、single point、最適化、振動数、溶媒
- 03GaussianSCF、構造最適化、振動数、TS、IRC
- 04GRRMADDF、AFIR、SC-AFIR、MC-AFIR
- 05PySCFSCF・DFT、最適化、GPU4PySCF、Colab
- 06Psi4SAPT、Fukui関数、デュアル記述子
- 07ORCAEDA-NOCV、LED、相互作用エネルギー
- 08Cube files格子、電子密度、軌道、静電ポテンシャル
- 09MultiwfnNCI、IGM、IGMH、IRI、実空間関数
- 10NCIplotRDG、promolecular density、cube、VMD
- 11py3Dmol分子構造とcube等値面の対話的可視化
Track B
ケモインフォマティクス・データ解析
構造識別、検索、特徴量行列、統計モデル、立体記述子を一つの解析手順として扱います。
Connection
二つの流れを接続する
| 段階 | 構造・電子状態側 | データ解析側 |
|---|---|---|
| 入力の定義 | 配座、電荷、spin、理論レベル | 構造標準化、重複、目的変数、単位 |
| 表現 | 座標、波動関数、電子密度、cube | 記述子、fingerprint、立体場、特徴量行列 |
| 解析 | エネルギー、反応経路、実空間関数 | 正則化回帰、PCA、交差検証、SHAP |
| 解釈 | 相互作用・電子状態の変化 | 選択性と構造・場の統計的関係 |
再現性の単位
構造・配座・計算条件だけでなく、構造標準化規則、特徴量の定義、分割方法、前処理を保存します。学習データに対する説明と、未観測反応への予測性能は分けて評価します。
最終更新:
Concepts and Reference
手法を横断して読む
個別ソフトウェアの操作から離れ、研究設計・記述子・再現性を共通の言葉で整理します。